Quần đảo được khám phá lần đầu bởi nhà hàng hải người Bretagne là Yves-Joseph de Kerguelen de Trémarec vào ngày 12 tháng 2 năm 1772. Ngày hôm sau Charles de Boisguehenneuc đã đặt chân lên đảo và tuyên bố hòn đảo thuộc về vương quyền của nước Pháp.[4]

Ngay sau phát hiện này, quần đảo thường xuyên được những người săn cá voi và hải cẩu tiếp cận (chủ yếu là người Anh, Mỹ và Na Uy), điều này đã khiến hai loài gần như tuyệt chủng trên quần đảo. Sau khi kết thúc thời săn cá voi và hải cẩu, hầu hết các loài trên đảo đã có thể phục hồi số lượng cá thể.[5] Từ 1825-1827, người săn hải cẩu người Anh John Nunn cùng ba thủy thủ khác đã bị đắm tàu tại Kerguelen.[6]

Trong quá khứ, một số cuộc thám hiểm đã giành một khoảng thời gian ngắn ngủi để viếng thăm hòn đảo, trong đó có thể kể đến Thuyền trưởng James Cook vào năm 1776. Từ 1874–1875, các nhà thám hiểm Anh, Đức và Mỹ đã viếng thăm Kerguelen để quan sát hiện tượng Sao Kim đi qua (mặt trời).[7]

Năm 1877, nước Pháp bắt đầu các hoạt động khai mỏ than trên quần đảo; tuy nhiên việc này đã bị bãi bỏ sớm sau đó.[8]

Quần đảo Kerguelen, cùng với các đảo Amsterdam và St. Paul, và quần đảo Crozet chính thức bị Pháp thôn tính vào năm 1893, và được liệt vào vùng thuộc sở hữu của Pháp trong Hiến pháp năm 1924.

Tàu tuần dương Đức Atlantis đã ghé lại Kerguelen vào tháng 12 năm 1940. Trong thời gian họ lưu lại, phi hành đoàn đã thực hiện việc bảo dưỡng và bổ sung nguồn cung cấp nước. Tai ương đầu tiên của tàu trong chiến tranh xuất hiện khi tủy thủ Bernhard Herrmann, đã bị ngã khi đang sơn ống khói. Người lính này đã được chôn tại nơi và là phần mộ chiến tranh cực nam của người Đức trong Thế chiến II.

Kerguelen liên tục bị chiếm đóng từ năm 1950 với các nhóm nghiên cứu khoa học, và hiện nay có số lượng từ 50 đến 100 người ở thường xuyên.[2] Quần đảo cũng có một trạm theo dõi vệ tinh của Pháp.

Cho đến năm 1955, quần đảo Kerguelen là một phần của thuộc địa Madagascar thuộc Pháp. Cùng năm đó, đảo trở thành Les Terres australes et antarctiques françaises (Vùng đất phía Nam và châu Nam Cực thuộc Pháp) và về mặt hành chính là một phần của Tỉnh hải ngoại Réunion. Đến năm 2004, lãnh thổ tiếp nhận 5 hòn đảo nhiệt đới gọi là les îles Éparses.